Sheppard et McKay découvrent l'épave d'un vaisseau de ravitaillement wraith sur une planète ne présentant aucun signe de vie. Mais quand ils trouvent des milliers de corps humains chrysalid...
McKay, Weir et le personnel d'Atlantis sont faits prisonniers par une force d'assaut Genii, dirigée par le commandant Kolya. Tandis que Sheppard fait son possible pour leur venir en aide...
Alors qu'une tempête cataclysmique menace Atlantis, Sheppard tente de négocier avec la planète Manaria pour pouvoir mettre ses habitants en lieu sûr. Tandis que McKay et Zelenka cherchent...
Quand le Dr McKay découvre un vortex permettant de revenir sur Terre via la porte des étoiles, certains membres de l'équipe en profitent pour rendre visite à leurs amis. Mais l'équipe...
Alors que les provisions d'Atlantis diminuent dangereusement, l'équipe est envoyée sur la planète des Genii, un peuple fermier paisible avec lequel Teyla a commercé par le passé. Préf...
L'équipe visite la planète des Hoffan, qui ont fabriqué en secret un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est pas au point. Sheppard propose que Beckett les aide...
Alors que Sheppard et son équipe visitent une nouvelle planète, une source d'énergie les oblige à se poser, leurs appareils ne fonctionnant plus. Ils rencontrent alors les habitants...
Les missions d'exploration se soldant systématiquement par des attaques de Wraith, les voyages sont temporairement suspendus. Le Dr Weir soupçonne la présence d'un espion dans la cit...
La première mission de Sheppard et Teyla se solde par un échec : pris à la gorge par un ectoparasite paralysant, Sheppard regagne en catastrophe la navette Jumper One. Alors que l'équipe...
Alors que les Athosiens ont été recueillis sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité énergivore qui menace la cité et ses habitants...
Sheppard lance une mission de sauvetage pour délivrer ses compagnons captifs des Wraith sur une autre planète. S'il parvient à libérer les prisonniers, il doit abréger les souffrances...
Après la découverte de la cité perdue d'Atlantis dans la galaxie de Pégase, le Dr Weir mandate une équipe de scientifiques émérites afin d'aller l'explorer. Mais la cité reposant au fond...
Todd contacte Atlantis pour alerter l'équipe de Sheppard qu'un de ses lieutenants wraith a réussi à obtenir plusieurs E2PZ pour alimenter un nouveau vaisseau-ruche surpuissant. Alors...
Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue, drainant ses victimes de leurs forces vitales. L'enquête est...
Une criminelle recherchée par la Coalition des Planètes se retrouve dans le corps du Dr Keller et poignarde Zelenka qui s'apprêtait à la dénoncer. L'équipe de Sheppard s'aperçoit que...
Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide car la génothérapie du Dr Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller a contaminé le vaisseau-ruche...
McKay est invité à une importante présentation scientifique, menée par un ancien rival. Il se rend sur Terre accompagné du Dr Keller qu'il fait passer pour sa compagne, mais la démonstration...
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey rencontre la mystérieuse Vanessa Conrad, l'expédition fait une découverte surprenante sur la nature d'une ancienne race ayant vécu dans...
Michael et ses hybrides parviennent à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, après avoir activé un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la Porte des étoiles. Ils...
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire des recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis où il aurait créé une arme...
L'équipe de Sheppard vient en aide à un village menacé par l'arrivée de vaisseaux wraith. Mais lorsque le Dr Keller est soudainement kidnappée par un Coureur, ils doivent lui porter secours...
Keller a mis au point une thérapie génique permettant aux Wraith de ne plus se nourrir d'humains. Afin de répandre le rétrovirus, Todd demande à Teyla de se faire passer pour une reine...
Sheppard et le Dr Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes, qui enquêtent sur l'un des laboratoires wraith ayant appartenu à Michael.
McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire. Son état a été diagnostiqué trop tardivement pour le soigner mais Ronon pourrait trouver...
À la suite de la découverte de la porte des étoiles d'Atlantis en Antarctique, une délégation de scientifiques et de militaires part explorer cette cité mythique située dans la galaxie...
L'équipe de Sheppard enquête sur l'étrange apparition d'un vaisseau identique au Dédale, à la dérive et abandonné. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et Rodney...
En pleine mission, Ronon est capturé par un ancien membre de son peuple, puis livré aux Wraith. Il est alors torturé et, sous l'effet d'une enzyme, les Wraith lui font subir un lavage...
Le Dr Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants et qui menace progressivement toute la cité. Parallèlement, avec les informations collectées dans...
Carter organise une mission de sauvetage pour secourir l'équipe de Sheppard, ensevelie sous les décombres de la base de Michael. Apprenant que sa base s'est auto-détruite, ce dernier...
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte...
Le Dr Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du Dr Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original...
Une mystérieuse épidémie balaie la galaxie de Pégase, frappant au hasard. Les recherches indiquent que la propagation ne suit pas une voie naturelle et provient d'une souche "amélior...
À la demande du colonel Carter, Teal'c arrive sur Atlantis pour aider Ronon à préparer son entretien face à la Commission Internationale de Surveillance. Si les deux guerriers n'entretiennent...
Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le Dr Keller se retrouvent coincés dans une salle souterraine condamnée. L'heure est grave...
Sheppard, accompagné de Ronon, retourne sur Terre pour assister aux obsèques de son père. Sur place, il est contacté par Ava Dixon, une scientifique ayant travaillé à la création d'un...
Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future...
En raison d'une anomalie atmosphérique due à une nouvelle planète, le système de confinement d'Atlantis s'enclenche automatiquement, faisant croire à une épidémie. Face à ces mesures...
L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret wraith permettant de comprendre comment ils sont parvenus à battre les Anciens : les Wraith y avaient créé toute une armée composée de...
Alors que la menace des Réplicateurs prend de l'ampleur, McKay découvre un moyen de les anéantir. L'équipe d'Atlantis est alors contrainte de faire équipe avec les Wraith pour combattre...
Lorsqu'un drone percute la cité, l'expédition craint que les Réplicateurs ne les aient retrouvés. Puis une deuxième explosion survient dans le labo de McKay et l'équipe comprend que le...
Peu après un échange entre McKay et sa sœur Jeannie concernant le programme des nanites, cette dernière, toujours sur Terre, est kidnappée par un commando. Alors que McKay, Sheppard et...
En recherchant les Athosiens, l'équipe de Sheppard rencontre un homme aux capacités prophétiques extraordinaires qui leur livre une sombre prédiction sur l'avenir de la cité. Ils apprennent...
Lors d'une visite sur le nouveau campement où s'est installé le peuple Athosien, Teyla et le Dr Keller s'étonnent de le trouver désert. Elles sont bientôt pourchassées par une tribu primitive...
Lorsqu'un virus inconnu cause soudainement l'amnésie de tous les résidents d'Atlantis, à l'exception de Teyla et Ronon, les membres de l'expédition doivent travailler ensemble pour trouver...
Le colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau de guerre appartenant au peuple des Voyageurs. Larrin, leur commandante, souhaite tirer parti de son habileté à manipuler...
Lors d'une mission interplanétaire, Sheppard réveille accidentellement une forme de vie cristalline qui finit par le posséder. Après avoir pris son apparence, cette dernière cherche...
Alors que Samantha Carter est promue à la tête de l'expédition Atlantis, Ronon retrouve d'anciens compagnons d'armes qu'il croyait morts sur Sateda. Ces derniers sollicitent l'aide d...
Tandis que Samantha Carter et l'Apollo font leur possible pour retrouver la cité d'Atlantis qui dérive dans l'espace, le Dr Weir et l'équipe de Sheppard se lancent dans une mission...
Dérivant dans l'espace avec le bouclier protecteur de la cité s'amenuisant, McKay et son équipe font tout ce qu'ils peuvent pour protéger Atlantis et tenter de rejoindre leur nouveau...
La découverte de chantiers navals et d'une flotte de vaisseaux de guerre sur la planète Asuras convainquent le général O'Neill d'envoyer le vaisseau Apollo, dirigé par le colonel Abe...
