Carter organise une mission de sauvetage pour secourir l'équipe de Sheppard, ensevelie sous les décombres de la base de Michael. Apprenant que sa base s'est auto-détruite, ce dernier...
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte...
Le Dr Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du Dr Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original...
Une mystérieuse épidémie balaie la galaxie de Pégase, frappant au hasard. Les recherches indiquent que la propagation ne suit pas une voie naturelle et provient d'une souche "amélior...
À la demande du colonel Carter, Teal'c arrive sur Atlantis pour aider Ronon à préparer son entretien face à la Commission Internationale de Surveillance. Si les deux guerriers n'entretiennent...
Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le Dr Keller se retrouvent coincés dans une salle souterraine condamnée. L'heure est grave...
Sheppard, accompagné de Ronon, retourne sur Terre pour assister aux obsèques de son père. Sur place, il est contacté par Ava Dixon, une scientifique ayant travaillé à la création d'un...
Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future...
En raison d'une anomalie atmosphérique due à une nouvelle planète, le système de confinement d'Atlantis s'enclenche automatiquement, faisant croire à une épidémie. Face à ces mesures...
L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret wraith permettant de comprendre comment ils sont parvenus à battre les Anciens : les Wraith y avaient créé toute une armée composée de...
Alors que la menace des Réplicateurs prend de l'ampleur, McKay découvre un moyen de les anéantir. L'équipe d'Atlantis est alors contrainte de faire équipe avec les Wraith pour combattre...
Lorsqu'un drone percute la cité, l'expédition craint que les Réplicateurs ne les aient retrouvés. Puis une deuxième explosion survient dans le labo de McKay et l'équipe comprend que le...
Peu après un échange entre McKay et sa sœur Jeannie concernant le programme des nanites, cette dernière, toujours sur Terre, est kidnappée par un commando. Alors que McKay, Sheppard et...
En recherchant les Athosiens, l'équipe de Sheppard rencontre un homme aux capacités prophétiques extraordinaires qui leur livre une sombre prédiction sur l'avenir de la cité. Ils apprennent...
Lors d'une visite sur le nouveau campement où s'est installé le peuple Athosien, Teyla et le Dr Keller s'étonnent de le trouver désert. Elles sont bientôt pourchassées par une tribu primitive...
Lorsqu'un virus inconnu cause soudainement l'amnésie de tous les résidents d'Atlantis, à l'exception de Teyla et Ronon, les membres de l'expédition doivent travailler ensemble pour trouver...
Le colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau de guerre appartenant au peuple des Voyageurs. Larrin, leur commandante, souhaite tirer parti de son habileté à manipuler...
Lors d'une mission interplanétaire, Sheppard réveille accidentellement une forme de vie cristalline qui finit par le posséder. Après avoir pris son apparence, cette dernière cherche...
Alors que Samantha Carter est promue à la tête de l'expédition Atlantis, Ronon retrouve d'anciens compagnons d'armes qu'il croyait morts sur Sateda. Ces derniers sollicitent l'aide d...
Tandis que Samantha Carter et l'Apollo font leur possible pour retrouver la cité d'Atlantis qui dérive dans l'espace, le Dr Weir et l'équipe de Sheppard se lancent dans une mission...
Dérivant dans l'espace avec le bouclier protecteur de la cité s'amenuisant, McKay et son équipe font tout ce qu'ils peuvent pour protéger Atlantis et tenter de rejoindre leur nouveau...
La découverte de chantiers navals et d'une flotte de vaisseaux de guerre sur la planète Asuras convainquent le général O'Neill d'envoyer le vaisseau Apollo, dirigé par le colonel Abe...
Sans nouvelles depuis plusieurs semaines des Taraniens, installés sur une nouvelle planète, Sheppard et son équipe se rendent sur place afin d'enquêter sur la situation, mais ces derniers...
L'équipe recherche une source d'énergie dans l'océan de la planète Lantea. À leur arrivée dans la station sous-marine, alors que Teyla détecte une présence wraith, elle neutralise Ronon...
Une journée de repos pour les membres de l'expédition Atlantis vire à la tragédie lorsqu'une explosion retentit dans l'une des sections de la cité, entraînant la mort de plusieurs personnes...
L'équipe Atlantis découvre les derniers survivants d'une civilisation, placés en hibernation dans une station orbitale. À leur réveil, les problèmes du passé ressurgissent et les choses...
Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'un jeu de stratégie virtuel qu'ils ont découvert sur Atlantis. Mais ils apprennent que ce dernier contrôle la population d'une vraie planète...
Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par le rayon d'un mystérieux appareil Ancien. Par la suite, il s'aperçoit qu'il détient désormais des super...
Quand Sheppard et son équipe entendent parler des exploits d'un grand guerrier, ils entreprennent de le retrouver dans l'espoir d'en faire un nouvel allié. Mais contre toute attente...
Lorsque des baleines de Lantea se regroupent autour d'Atlantis, les habitants sont victimes de symptômes inquiétants. Par ailleurs, Teyla a des visions dans lesquelles les Anciens, r...
Après avoir désobéi aux ordres du SG-C et dérobé un Jumper, l'équipe de Sheppard rejoint Atlantis et fait exploser une partie de la cité pour détruire ses détecteurs. Alors qu'ils doivent...
La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et lui-même sont faits prisonniers pendant un assaut de Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, Weir et Carson...
Le major Leonard et son équipe ayant disparu, Sheppard se rend sur la planète où ils menaient leur mission pour les secourir. Il découvre qu'ils ont dû faire face à des ondes wraith causant...
De retour sur Terre, McKay tente de convaincre sa sœur, Jeannie Miller, une brillante scientifique, de venir sur Atlantis pour relancer le projet Arcturus. Menée par les Anciens, cette...
Sheppard est retenu prisonnier par Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis. Après avoir fait parvenir une vidéo au Dr Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith, Kolya menace de...
Le Dr Weir se réveille dans une institution psychiatrique sur Terre, dirigée par le Dr Fletcher. Là, elle apprend que le SG-C et l'expédition Atlantis ne seraient que le fruit de son...
Le Dr Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation ressemble à s'y méprendre au monde avancé des Anciens. Enthousiasmés par cette découverte...
Ronon se fait capturer par son ancien bourreau, un commandant Wraith qui le ramène sur sa planète natale, Sateda. Là, son passé le rattrape et il est contraint de redevenir un Coureur...
L'équipe de Sheppard explore un petit village où les habitants semblent mener une vie tranquille et insouciante. Ils rencontrent Lucius, leur chef charismatique, qui propose d'échanger...
Le Dédale a été endommagé par l'attaque wraith et perd son air. Mais le Dr Beckett a l'idée d'utiliser le gaz subsistant à bord pour transformer tous les Wraith du vaisseau-ruche en humains...
Le Dédale remporte in extremis la bataille contre les deux vaisseaux-ruches wraith et Sheppard échappe de justesse à la mort. Tandis qu'il entreprend une mission pour libérer McKay et...
Une faction rebelle wraith, dirigée par Michael, propose une alliance avec Atlantis pour détruire leurs rivaux grâce au rétrovirus du Dr Beckett. Mais alors que des soupçons naissent...
L'équipe de Sheppard vient en aide à un peuple menacé par l'éruption imminente d'un supervolcan. Coincés dans un avant-poste des Anciens tandis que la Porte des étoiles est engloutie...
L'équipe du Major Lorne est portée disparue et présumée morte dans un incendie. Le bras droit du chef Genii, Ladon, propose alors un marché à Atlantis pour utiliser sa force militaire...
Après avoir trouvé deux capsules dérivant dans l'espace dans des caissons de survie, où ont été téléchargés les esprits de deux entités hostiles, l'équipe regagne Atlantis. Mais ces derni...
Après avoir perdu toute son unité, le lieutenant Michael Kenmore est amnésique mais continue de faire des cauchemars sur les Wraith. Par ailleurs, certains membres d'Atlantis lui sont...
L'équipe de Sheppard découvre une réplique de la cité d'Atlantis sur une planète de la galaxie de Pégase, où habite une famille royale déchirée par les intrigues et les luttes intestines...
McKay se retrouve prisonnier d'un Jumper englouti dans les profondeurs océaniques. L'équipe d'Atlantis n'arrive pas à localiser le vaisseau, et il ne lui reste que trois heures d'oxyg...
Un agent de la Confrérie a dissimulé une bombe sur Atlantis qui explosera dès la prochaine activation de la Porte des étoiles. Le Dédale prête alors assistance à l'équipe du Dr Weir...
Sur une nouvelle planète inexplorée, Sheppard traverse une Porte des étoiles menant à une caverne et se retrouve prisonnier d'un monde parallèle, où le temps passe plus rapidement. L...
