Dans un monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith, Ellia, qui a été élevée en secret par un villageois comme une humaine. Alors que le Dr Beckett travaille sur un rétrovirus...
Un avant-poste de l'armée des Anciens est découvert dans un cimetière de vaisseaux wraith, avec à bord la plus puissante source d'énergie jamais égalée. Son activation est un échec mais...
En s'écrasant sur une planète laissée étonnamment indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une colonie pénitentiaire à proximité de la Porte de étoiles, où l'ennemi sélectionne...
Un téléporteur wraith transfère accidentellement la conscience du lieutenant Cadman dans la tête du Dr McKay, qui prend ensuite le contrôle de son corps à son insu. Pendant que Zelenka...
Sheppard et son équipe recherchent le lieutenant Ford, qui s'est enfui après avoir été exposé à l'enzyme wraith, et s'est réfugié sur une planète au climat équatorial. Sur place, ils...
L'équipe d'Atlantis rend visite à la Terre via la Porte des étoiles. Durant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique wraith qui prend progressivement les commandes...
La cité d'Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith, qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague d'attaque. Par chance, l'équipage est sauvé par l'arrivée du Dédale qui...
Le satellite a pulvérisé l'un des trois vaisseaux mais tout espoir est anéanti quand il est détruit. Mais le SG-C ayant reçu le message de détresse, un contingent militaire est envoy...
Une flotte wraith se rapproche d'Atlantis dans le but de rallier la Terre, planète d'abondance. McKay veut utiliser un satellite de défense des Anciens, qui aurait assez de puissance...
Teyla fait des cauchemars très réalistes au sujet des Wraith et consulte la psychologue d'Atlantis. Au cours d'une séance d'hypnose, elle se souvient que son peuple a subi des manipulations...
Trois vaisseaux wraith font route vers Atlantis et tout semble perdu à moins que Sheppard et Teyla ne parviennent à récupérer la seule arme capable de sauver la cité sur une planète situ...
Sheppard, Ford et Teyla accompagnent McKay sur la planète Dagan, où les Anciens auraient caché le seul générateur d'énergie capable de restaurer le bouclier de protection d'Atlantis contre...
L'équipe découvre une femme en état de stase depuis 10 000 ans. Mais à son réveil, il s'avère que l'Atlante congelée est le Dr Weir ! Suite à l'évacuation forcée d'Atlantis, elle se serait...
L'équipe est sauvée de justesse d'une attaque wraith par un mystérieux champ énergétique. Intrigués, ils suivent le phénomène jusqu'à la planète Proculis, où ils atterrissent. Après avoir...
Todd contacte Atlantis pour alerter l'équipe de Sheppard qu'un de ses lieutenants wraith a réussi à obtenir plusieurs E2PZ pour alimenter un nouveau vaisseau-ruche surpuissant. Alors...
Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue, drainant ses victimes de leurs forces vitales. L'enquête est...
Une criminelle recherchée par la Coalition des Planètes se retrouve dans le corps du Dr Keller et poignarde Zelenka qui s'apprêtait à la dénoncer. L'équipe de Sheppard s'aperçoit que...
Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide car la génothérapie du Dr Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller a contaminé le vaisseau-ruche...
McKay est invité à une importante présentation scientifique, menée par un ancien rival. Il se rend sur Terre accompagné du Dr Keller qu'il fait passer pour sa compagne, mais la démonstration...
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey rencontre la mystérieuse Vanessa Conrad, l'expédition fait une découverte surprenante sur la nature d'une ancienne race ayant vécu dans...
Michael et ses hybrides parviennent à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, après avoir activé un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la Porte des étoiles. Ils...
Lorsqu'un groupe de survivants à la drogue Hoffan, appartenant au peuple Balaran, s'installe sur une nouvelle planète grâce à l'équipe d'Atlantis, ces derniers doivent convaincre les...
L'équipe part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens pour les juger. Ils sont notamment...
Toujours captifs, McKay et Jackson découvrent l'identité de leur geôlier. Pendant ce temps, Todd détourne le Dédale pour détruire le dispositif responsable de la destruction de plusieurs...
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire des recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis où il aurait créé une arme...
L'équipe de Sheppard vient en aide à un village menacé par l'arrivée de vaisseaux wraith. Mais lorsque le Dr Keller est soudainement kidnappée par un Coureur, ils doivent lui porter secours...
Keller a mis au point une thérapie génique permettant aux Wraith de ne plus se nourrir d'humains. Afin de répandre le rétrovirus, Todd demande à Teyla de se faire passer pour une reine...
Sheppard et le Dr Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes, qui enquêtent sur l'un des laboratoires wraith ayant appartenu à Michael.
McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire. Son état a été diagnostiqué trop tardivement pour le soigner mais Ronon pourrait trouver...
À la suite de la découverte de la porte des étoiles d'Atlantis en Antarctique, une délégation de scientifiques et de militaires part explorer cette cité mythique située dans la galaxie...
L'équipe de Sheppard enquête sur l'étrange apparition d'un vaisseau identique au Dédale, à la dérive et abandonné. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et Rodney...
En pleine mission, Ronon est capturé par un ancien membre de son peuple, puis livré aux Wraith. Il est alors torturé et, sous l'effet d'une enzyme, les Wraith lui font subir un lavage...
Le Dr Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants et qui menace progressivement toute la cité. Parallèlement, avec les informations collectées dans...
Carter organise une mission de sauvetage pour secourir l'équipe de Sheppard, ensevelie sous les décombres de la base de Michael. Apprenant que sa base s'est auto-détruite, ce dernier...
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte...
Le Dr Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du Dr Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original...
Une mystérieuse épidémie balaie la galaxie de Pégase, frappant au hasard. Les recherches indiquent que la propagation ne suit pas une voie naturelle et provient d'une souche "amélior...
À la demande du colonel Carter, Teal'c arrive sur Atlantis pour aider Ronon à préparer son entretien face à la Commission Internationale de Surveillance. Si les deux guerriers n'entretiennent...
Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le Dr Keller se retrouvent coincés dans une salle souterraine condamnée. L'heure est grave...
Sheppard, accompagné de Ronon, retourne sur Terre pour assister aux obsèques de son père. Sur place, il est contacté par Ava Dixon, une scientifique ayant travaillé à la création d'un...
Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future...
En raison d'une anomalie atmosphérique due à une nouvelle planète, le système de confinement d'Atlantis s'enclenche automatiquement, faisant croire à une épidémie. Face à ces mesures...
L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret wraith permettant de comprendre comment ils sont parvenus à battre les Anciens : les Wraith y avaient créé toute une armée composée de...
Alors que la menace des Réplicateurs prend de l'ampleur, McKay découvre un moyen de les anéantir. L'équipe d'Atlantis est alors contrainte de faire équipe avec les Wraith pour combattre...
Lorsqu'un drone percute la cité, l'expédition craint que les Réplicateurs ne les aient retrouvés. Puis une deuxième explosion survient dans le labo de McKay et l'équipe comprend que le...
Peu après un échange entre McKay et sa sœur Jeannie concernant le programme des nanites, cette dernière, toujours sur Terre, est kidnappée par un commando. Alors que McKay, Sheppard et...
En recherchant les Athosiens, l'équipe de Sheppard rencontre un homme aux capacités prophétiques extraordinaires qui leur livre une sombre prédiction sur l'avenir de la cité. Ils apprennent...
Lors d'une visite sur le nouveau campement où s'est installé le peuple Athosien, Teyla et le Dr Keller s'étonnent de le trouver désert. Elles sont bientôt pourchassées par une tribu primitive...
Lorsqu'un virus inconnu cause soudainement l'amnésie de tous les résidents d'Atlantis, à l'exception de Teyla et Ronon, les membres de l'expédition doivent travailler ensemble pour trouver...
Le colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau de guerre appartenant au peuple des Voyageurs. Larrin, leur commandante, souhaite tirer parti de son habileté à manipuler...
