Jim retrouve enfin son père, décongelé et dépanné. Il n'a pas changé et ce n'est pas une bonne nouvelle. Roy est un mauvais capitaine mais il ne compte pas laisser les commandes.
Jim se fait voler le sous-marin par les pirates après que ceux-ci lui ont tendu un piège. Ne trouvant aucune solution, Jim accepte la proposition de Cyril.
Parce qu'il lui manque une fourchette pour organiser son somptueux dîner, Jim se met à travailler pour Don Patellone, le chef du gang des patelles.
Pour vaincre un pirate, il faut devenir pirate... Du moins est-ce l'idée de Jim, qui transforme pour la bonne cause de gentils matelots en méchants pirates.
Jim met le sous-marin à la verticale pour le transformer en véhicule volant. Convaincu d'être un capitaine visionnaire, il ne voit pas que l'équipage vit mal cette situation.
Le volant du sous-marin a disparu ! Cyril, l'inspecteur de bord, prend les commandes de cette enquête avec son assistant, Jim. Comment vont-ils s'en sortir ?
Pour protéger Jim des pirates, Cyril engage des doublures. Mais sa paranoïa devient si extrême que Jim ne peut même plus manger ses cookies.
Après avoir découvert que Shamik ne l'aime pas, Jim se fait passer pour un stagiaire afin de devenir ami avec lui. Il se retrouve obligé de dire du mal de lui-même.
Après avoir glissé un bout de papier sous une table bancale, Jim se découvre une âme de bricoleur. Il rejoint les oursins pour mettre ce nouveau talent à profit.
Jim et Cyril pensent que Fabienne et Yannick sont amoureux mais nosent pas s'avouer leur flamme. Ils jouent les cupidons en utilisant leur passion pour les romans d'amour.
L'équipage semble être soudainement devenu bête. Jim et Bianca doivent trouver la cause de cette bêtise générale, car eux aussi commencent à se conduire bizarrement.
Jim découvre qu'Henry la vieille sardine est en fait le capitaine de nuit. Il gère les fêtards, les insomniaques, les bagarreurs, et tout le monde l'apprécie.
Hildy, une des sardines de l'équipage, se rend compte que personne ne sait vraiment qui elle est ni en quoi consiste son travail. Elle décide alors de quitter le sous-marin.
Cyril et Bianca réalisent qu'ils ont laissé Jim à la dernière station-service. Pendant qu'ils foncent pour retrouver leur capitaine, Jim tente de survivre chez les humains, tel un spationaute...
Exilé sur Terre, Jim essaie de trouver sa voie tout en s'adaptant à sa nouvelle vie. Mais quand il découvre que Bonnie règne d'une main de fer sur le sous-marin, il n'hésite pas à une...
Lorsque le sous-marin découvre qu'ils sont à Mâcon, en Bourgogne, au lieu de Las Vegas, Bonnie profite de la situation pour déclencher une mutinerie. Jim perd petit à petit le contrôle...
A force de tout faire dans le sous-marin, Cyril craque : il se prend désormais pour une petite fée qui règle tous les problèmes, quitte à se mettre en danger.
Voyant Bonnie en difficulté, Jim décide de devenir son mentor, même si c'est son ennemie jurée. Loin de faire plaisir à Bonnie, cela rend la pirate furieuse qui sent humiliée.
Jim décide de louer le tiroir au-dessus de celui de Cyril. L'anchois n'est pas content du tout. Surtout quand il découvre que Pattie, sous ses airs de locataire idéale, conspire pour...
Jim refuse d'accomplir le "sacrifice rituel de sardine" inventé par son père. Mais devant la panique de l'équipage, qui a peur que le malheur s'abatte sur eux, Jim doit inventer une nouvelle...
Jim se retrouve un peu embarrassé devant l'équipage, parce qu'il n'arrive pas à faire son noeud papillon tout seul. Piqué dans son orgueil, il veut montrer qu'il peut tout faire sans...
Quand Cindy est kidnappée par Bonnie et ses sbires, Jim, Cyril et Bianca sont déterminés à la sauver. Mais Cindy refuse de rentrer, elle s'amuse trop avec les pirates !
Alors que c'est le premier jour de Jim en tant que capitaine, le sous-marin est détourné par un mystérieux passager clandestin. Jim va tenter de faire face à cette épreuve.
La première mission terrestre du capitaine Roy vire au fiasco, laissant l'équipage désemparé. Son fils Jim, désigné pour le remplacer, va tenter d'être à la hauteur.
Bonnie vole le journal intime de Jim et menace de révéler tous ses secrets à son équipage s'il ne cède pas à ses exigences. Quand Bianca et Cyril découvrent l'odieux chantage, ils décident...
Jim part en éclaireur en se postant lui-même dans un colis. Mais l'endroit où il arrive le surprend. Il s'agit d'un camping-car appartenant à deux retraités.
Bianca est censée être la gardienne de Roy, mais préfère se la couler douce. Quand un mystérieux ravisseur kidnappe Roy, Bianca doit tricoter 300 pompons et les livrer avant minuit. Tout...
Jim découvre que les sardines font des soirées sans capitaine. Il essaie de ne pas le prendre personnellement, en vain. Dur d'être à la fois un capitaine et un copain.
Les toilettes du sous-marin consomment trop d'eau. Jim met des mesures en place, soutenu par un équipage sensible à la préservation de l'environnement. Mais des bonnes intentions ou des...
Jim se fait harceler par un oursin. Cyril préconise le dialogue, Bianca la manière forte, mais rien ne marche. Jim va devoir trouver sa propre solution pour se sortir de cette épineuse...
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Jim envoie en mission extérieure un groupe de sardines pour lui acheter le journal du jour. Mais le contact radio est brutalement rompu laissant présager le pire. Jim décide alors de...
Jim emmène Bianca, l'experte en humains, pour récupérer des oignons. Mais lorsqu'ils rencontrent une petite fille dans le potager, Jim réalise que Bianca n'est peut-être pas aussi experte...
Les sardines en ont assez de la nourriture de la cantine. Jim doit demander à Fabienne, la cheffe, de varier le menu. Malheureusement, elle ne parle qu'aux adultes.
Jim et Bianca décident d'organiser un tournoi de ping-pong, persuadés d'être les meilleurs joueurs du sous-marin. Mais ils arrivent derniers malgré leur entraînement quotidien.
Cyril organise une semaine de cours sur les humains, suivie d'un examen. Jim, simple élève pour une fois, réalise qu'il n'est pas l'expert des humains qu'il croyait être.
Le sous-marin est immobilisé par un sabot. Bianca, persuadée qu'Orca World l'a retrouvée, le redémarre en force. Jim lui fait la promesse de la protéger.
Jim se retrouve avec trois portraits de capitaine : un en roi, un en Bianca, et un en sorcier. Il décide d'incarner tour à tour les trois interprétations. Parviendra-t-il à retrouver...
Jim et Bianca improvisent une sortie camping dans le désert, sans prévoir de solution pour l'eau. Inquiet, Cyril les suit en secret pour veiller sur eux.
La tranquillité du "Submarine Roy" est troublée par l'USS Méchant Requin, un autre sous-marin à roulettes rempli de méchants requins. Qui se cache derrière le sinistre bâtiment ?
Jim décide d'emmener son équipage camper. Mais il peine à lâcher ses privilèges de capitaine. Quand il commence à se détendre, il est déjà temps de partir.
Bianca et Jim introduisent de la contrebande au mépris du règlement. Mais tout bascule quand Cyril ouvre un bocal de cornichons qui contamine tout l'écosystème du sous-marin.
Depuis des semaines, le sous-marin roule à l'envers. Cyril demande alors à Jim de renvoyer Yannick, un pilote maladroit mais tellement sympathique.
Une sardine annonce à Jim que son pompon a été volé. Alors que Cyril ouvre une enquête, Jim se confie à Bianca : c'est lui qui a pris le pompon par erreur.
Débordé par les plaintes des sardines et un sous-marin en désordre, Jim met la main sur un robot nettoyeur. Tout le monde est ravi, sauf Bianca qui s'en méfie.
Jim découvre effaré que la vieille voyante qui l'aidait à prendre ses décisions n'est autre que son ami Cyril, déguisé pour l'aider. Privé de cet appui, Jim devra vite apprendre à se...
Jim prend le volant pour affronter un chauffard. Mais à mesure que la situation dégénère, il lui devient difficile de garder son calme devant son équipage.
Jim ne croit plus en rien après avoir découvert que le poisson pané qui parle dans une publicité Croustyfish est en réalité un humain vêtu d'un déguisement.
Jim est malade et impossible de savoir si cest Cyril ou Bianca qui doit le remplacer ! Tant pis : les deux sont nommés co-capitaine par intérim. Mais cette collaboration forcée savère...
Jim disparaît pour une longue partie de ping-pong avec Bianca. A son retour, il se rend compte que son équipage n'a même pas remarqué son absence.
