Martha tombe gravement malade à cause d'une contamination liée aux météorites. Clark est lui aussi touché et découvre ses limites face à la maladie. Leur survie devient incertaine.
Le professeur Frederick Walden, blessé dans les grottes, se réveille avec des pouvoirs. Pendant ce temps, Lex et Helen doutent à l'approche de leur mariage, et Lionel tente de manipuler...
Cyrus Krupp prétend être un extraterrestre et semble posséder des pouvoirs. Clark commence à douter de ses certitudes. De son côté, Helen découvre un secret caché dans le manoir Luthor.
Clark tombe sur des voleurs capables de rivaliser avec sa force. Incapable de les arrêter, il doit trouver un autre moyen de protéger Jonathan et Martha, pris pour cibles.
Whitney Fordman revient à Smallville après la Marine, espérant reconquérir Lana. Mais son comportement étrange inquiète Clark. Pendant ce temps, Lex découvre un lien troublant entre Helen...
Lex retrouve Lucas, le fils caché de Lionel, et tente de s'allier avec lui. Mais les manipulations de leur père compliquent tout. Clark, de son côté, commence à travailler au Talon.
Exposé à de la kryptonite rouge, Clark devient impulsif et rebelle. Il utilise ses pouvoirs sans retenue, au grand désarroi de Jonathan et Martha. Lana, elle, est troublée et attirée...
Après avoir sauvé Lana d'une tornade, Clark découvre que son vaisseau a été projeté dans un champ de maïs. Jonathan se retrouve coincé dans une grotte avec le journaliste Roger Nixon...
Un élève meurt d'un vieillissement fulgurant pendant une compétition de natation. Chloé soupçonne un phénomène lié aux météorites. Clark, lui, doit faire face à un nouveau proviseur hostile...
Ryan, le jeune télépathe ami de Clark, est en danger : un médecin cherche à exploiter ses pouvoirs. Clark est prêt à tout pour le sauver. De son côté, Lana apprend que sa tante Nell envisage...
En découvrant qu'il est surveillé par son père, Lex organise une contre-attaque. Mais la situation dégénère lorsque des hommes armés prennent Lionel et Martha en otage.
Lana croit voir le fantôme d'une amie d'enfance. Clark découvre qu'il s'agit d'un clone lié à des expériences financées par Lionel. La situation devient rapidement dangereuse.
Pete découvre le vaisseau de Clark dans le champ de maïs. Contre l'avis de ses parents, Clark lui révèle enfin son secret. Pendant ce temps, Lex entre en conflit avec le professeur Steven...
En 1989, une pluie de météorites s'abat sur Smallville, au Kansas, ravageant la ville. Douze ans plus tard, la vie a repris, mais les traces du drame et ses mystères restent bien présents...
